まず、先人の教えどおりDDWinを使いテキスト形式で保存しなおし。

得られたテキストファイルをDebianへ移動させ、nkfでUTFへ変換。

nkf --utf8 -Lu biology.txt > biology.utf8

#!/usr/local/bin/php
<?PHP
$chkmode=FALSE;
$fnr="./biology.utf8";
# file open
$fpr=fopen($fnr,"r");
# read file
$iflag_sep=-1;
$istr="";
$ititle="";
$icont="";
$iline=0;
$ierror[0]=0;
$c ="";
$c1="";
$c2="";
while(!feof($fpr)){
  $c2=$c1; $c1=$c; $c=fgetc($fpr);
  if(feof($fpr)) break;
  if($c=="\n") $iline++;
  if($c1=="\n" && $c!=" " && $c!="\n"){
    # found data separator
    $iflag_sep=$iflag_sep*-1;
    if($iflag_sep>0){
      $ititle=$istr;
      $istr=$c;
    }
    else{
      $icont=$istr;
      $istr=$c;
      if(strlen($ititle)>strlen($icont)){
        #break;
        $ierror[++$ierror[0]]="up side down: line ".$iline;
        if($chkmode==TRUE) echo $iline."\n";
        $ititle=$icont;
        $iflag_sep=$iflag_sep*-1;
      }
      else{
        #write out
        if($chkmode!=TRUE) echo $ititle."\n".$icont."\n\n";
      }
    }
  }
  else{
    if($c!="\n") $istr.=$c;
  }
}
if($chkmode==TRUE){
  #echo "############ error found ##############\n";
  #for($irow=1;$irow<count($ierror);$irow++){
  #  echo $ierror[$irow]."\n";
  #}
  echo (count($ierror)-1)." data were in wrong format!\n";
}
?>